La prestampa mette in dubbio lo studio alla base del microbioma

NEW YORK – A gennaio, Micronoma, una startup con sede a San Diego, California, cofondata dal professore dell'Università della California di San Diego Rob Knight e dal suo ex studente laureato Greg Sepich-Poore ha ottenuto la designazione di dispositivo innovativo dalla Food and Drug Administration statunitense per il suo test OncobiotaLung , un test basato sul microbioma del sangue per il rilevamento del cancro ai polmoni.

All'epoca, l'azienda, che afferma di essere la prima a utilizzare la tecnologia della biopsia liquida basata sul microbioma, affermò che "[il] lavoro che ha portato alla designazione rivoluzionaria del dispositivo si basa sulle scoperte dei cofondatori di Micronoma, pubblicate sulla rivista scientifica riviste Nature e Cell."

Si ritiene tuttavia che lo studio di Nature, pubblicato nel 2020, contenga "importanti errori di analisi dei dati", per cui le sue conclusioni dovrebbero essere considerate "non valide", secondo uno studio prestampato pubblicato lunedì su BioRxiv da ricercatori di l'Università dell'East Anglia nel Regno Unito e la Johns Hopkins University.

Knight ha respinto le critiche, affermando che i risultati della sua squadra sono validi e riproducibili.

Resta da vedere in che modo la controversia in corso potrebbe influire sullo sviluppo commerciale di test diagnostici basati sul microbioma del cancro come quello di Micronoma. L'azienda ha rifiutato di rispondere alle domande di GenomeWeb riguardo alle preoccupazioni sollevate dalla prestampa, affermando che "[la] finestra temporale per poter rispondere a queste domande si è chiusa".

Non è inoltre chiaro se la critica possa mettere a repentaglio l’approvazione normativa di OncobiotaLung, che, con la sua designazione di dispositivo rivoluzionario, ha diritto a una revisione e una valutazione accelerate da parte della FDA. Un portavoce della FDA ha detto che l'agenzia "non è in grado di discutere le domande pendenti".

Lo studio in questione

Pubblicato nel 2020 da Knight, Sepich-Poore e dai loro collaboratori, lo studio Nature in questione ha presentato prove di diffuse firme microbiche specifiche del cancro, sulla base dei dati di sequenziamento del DNA provenienti da oltre 18.000 campioni di oltre 10.000 pazienti del Cancer Genome Atlas ( TCGA), che copre 33 tipi di cancro.

Addestrando algoritmi di apprendimento automatico, il team di Knight ha inoltre dimostrato di poter differenziare i tipi di tumore in base alla loro composizione microbica con elevata precisione.

"All'inizio ero piuttosto euforico quando è uscito lo studio di Rob Knight", ha detto Abraham Gihawi, ricercatore post-dottorato presso l'Università dell'East Anglia, che è il primo autore dello studio prestampato. "Sembrava un'ottima prova di concetto."

"Poi ti rendi conto: 'Oh mio Dio, non è necessariamente esattamente quello che dice di essere'", ha aggiunto. Le preoccupazioni iniziali di Gihawi includevano la contaminazione delle sequenze umane, la gestione degli effetti batch, le classificazioni dei falsi positivi e le limitazioni negli approcci di apprendimento automatico, e le ha pubblicate in un precedente preprint pubblicato su BioRxiv nel gennaio di quest'anno.

Quella prestampa è stata presto accolta con quella che Knight ha definito una "confutazione approfondita", che il suo team ha pubblicato in una prestampa pubblicata a febbraio.

Inoltre, Knight ha sostenuto che un articolo Cell del 2022 di cui è coautore, che utilizzava metodi aggiornati, ha raggiunto “le stesse conclusioni secondo cui i microbi sono specifici del tipo di cancro”.

Due "grandi errori"

Dopo l'uscita della prestampa di Gihawi di gennaio, uno dei ricercatori che lo ha contattato è stato Steven Salzberg, un biologo computazionale della Johns Hopkins University, che è diventato un collaboratore ed è l'autore corrispondente della prestampa di questa settimana.

"[Steven] ha sempre sospettato che ci fosse qualcosa di strano nei dati, ma non era in grado di individuarlo", ha detto Gihawi. "Così, abbiamo iniziato a lavorare insieme."

I due hanno esaminato ulteriormente lo studio Nature del 2020 e la loro nuova prestampa, basata sulla precedente analisi di Gihawi, afferma che c’erano due “importanti errori” nell’articolo originale di Knight. "Ciascuno di questi problemi invalida i risultati", hanno sostenuto i ricercatori, "portando alla conclusione che i classificatori basati sul microbioma per identificare il cancro presentati nello studio sono completamente sbagliati".